Secondo me non funziona così...quando è spenta e giri il quadro parte si la ventola ma raffredda solo il radiatore, la pompa dell'acqua non gira quindi l'acqua nella testa rimane quella che è, quindi prima la accendi e prima raffreddi il motore.
Sempre secondo me, non dovresti preoccuparti, è una moto stradale e con uso stradale uno deve fermarsi quando crede e ripartire pure senza tante seghe mentali e Yamaha lo sa.
In ogni caso, se proprio vuoi, quando ti fermi se c'è la ventola accesa lasciala accesa finché si spegne, in modo da mandare acqua "fresca" al motore. Ciò non toglie che spegnendo la temperatura salirà comunque, ma magari non tanto da far partire la ventola.